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更新お疲れさまです。ウィンドウ位置が正しく保持されるようになりました。ありがとうございます。

AsukaToolsのメインウィンドウの透過状態が正しく保存/読み込みされないバグがあるようです。
メインウィンドウの透過状態が保存時はIsTransparencyキーに記録しており、読み込み時はTransparencyキーを見ているためだと思われます。